1.主标志以四条向上扩展的线条构成水花状，下部叠压龙形。整个图案庄重大方，具有两层象征意义，一是四条线代表长江、黄河、淮河、海河，龙及其上下两朵祥云代表东、中、西三条调水路线，象征南水北调工程将中华腹地四条江河联系起来，形成宏观调控水资源的巨大能力；二是龙为中华民族的象征，四条线形成向上托举状，意为南水北调工程是支撑中国经济持续发展、民族振兴的世纪伟业。
2.辅标志由四宽三窄七条弧线构成飘逸流动的调水图案，四条宽线代表长江、黄河、淮河、海河；三条窄线代表东、中、西三条调水路线，两者相互衔接、叠压，构成四横三纵的大水网格局。整个图案象征南水北调工程的实施是宏观调控水资源的重大战略举措。
主辅标志确定“蓝”为基色，蓝色再现了水的勃勃生机。